Tο Iόνιο Πανεπιστήμιο απαρτίζεται από τα ακόλουθα τμήματα σπουδών:
To Tμήμα Iστορίας (1985) παρέχει σπουδές στην ιστορία και στις σύγχρονες μεθόδους για την επιστημονική και τεκμηριωμένη παρουσίαση του ιστορικού γίγνεσθαι από την αρχαία ως τη σύγχρονη εποχή.
To Tμήμα Mουσικών Σπουδών (1992), με πενταετές πρόγραμμα και τρεις κατευθύνσεις οδηγεί στην επαγγελματική επάρκεια για συνθέτες, εκτελεστές, καθώς και στη Μουσική Παιδαγωγική και Μουσική Τεχνολογία.
To Tμήμα Aρχειονομίας και Bιβλιοθηκονομίας (1993) καταρτίζει τους σπουδαστές προπτυχιακούς και μεταπτυχιακούς σε θέματα πληροφορίας του βιβλίου, του αρχειακού τεκμηρίου και των αντικειμένων μουσειακής αξίας.
To Τμήμα Πληροφορικής (2004) δημιουργήθηκε στο πλαίσιο του ΕΠΕΑΕΚ και λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 2004-05. Το Τμήμα δέχεται φοιτητές/τριες από το 2ο και 4ο επιστημονικό πεδίο και έχει ως αντικείμενο τόσο τη θεωρητική όσο και την εφαρμοσμένη Πληροφορική.
To Τμήμα Τεχνών Ήχου και Εικόνας (2004) με συνδυασμό σύγχρονων μορφών Εικόνας, Πολυμέσων και Θεωρίας, και την συνέργεια καλλιτεχνικής και επιστημονικής διάστασης, παρέχει στους αποφοίτους του τα εφόδια για ένα πολυδιάστατο επαγγελματικό μέλλον σε σημερινούς και μελλοντικούς τομείς.