H Σχολή Ανθρωπιστικών Επιστημών (τέως Σχολή Ιστορίας & Μετάφρασης - Διερμηνείας), η Σχολή Επιστήμης της Πληροφορίας & Πληροφορικής και η Σχολή Μουσικής & Οπτικοακουστικών Τεχνών του Ιονίου Πανεπιστημίου ιδρύθηκαν τον Μάιο 2013, σύμφωνα με το ΦΕΚ 119/28.5.2013, τεύχος Α.

Η Σχολή Περιβάλλοντος και η Σχολή Οικονομικών Επιστημών ιδρύθηκαν τον Οκτώβριο 2018, σύμφωνα με το ΦΕΚ 142/03.08.2018 τεύχος Α.

Σχολή Ανθρωπιστικών Επιστημών

Η Σχολή Ανθρωπιστικών Επιστημών περιλαμβάνει τα εξής Τμήματα:
- το Τμήμα Ιστορίας  (Κέρκυρα)
- το Tμήμα Ξένων Γλωσσών, Mετάφρασης και Διερμηνείας  (Κέρκυρα)

Κοσμήτορας της Σχολής: Καθηγητής Αθανάσιος Ευσταθίου, Tμήμα Ιστορίας.

Γραμματεία Κοσμητείας της Σχολής Ανθρωπιστικών Επιστημών:
Σταματέλα Πρεντουλή, τηλ. 26610 - 87331
Email: kosmitia_sae@ionio.gr

Σχολή Επιστήμης της Πληροφορίας & Πληροφορικής

Η Σχολή Επιστήμης της Πληροφορίας & Πληροφορικής περιλαμβάνει τα εξής Τμήματα:
- το Τμήμα Αρχειονομίας, Βιβλιοθηκονομίας και Μουσειολογίας  (Κέρκυρα)
- το Τμήμα Πληροφορικής  (Κέρκυρα)
- το Τμήμα Ψηφιακών Μέσων και Επικοινωνίας (Αργοστόλι) 

Κόσμητορας της Σχολής: Καθηγητής Παναγιώτης Κουρουθανάσης, Τμήμα Πληροφορικής.

Γραμματεία Κοσμητείας της Σχολής Επιστήμης της Πληροφορίας & Πληροφορικής:
Ευαγγελία Κρανιώτη, τηλ. 26610 - 87760

Σχολή Μουσικής & Οπτικοακουστικών Τεχνών

Η Σχολή Μουσικής & Οπτικοακουστικών Τεχνών περιλαμβάνει τα εξής Τμήματα:
- το Τμήμα Τεχνών Ήχου και Εικόνας  (Κέρκυρα)
- το Τμήμα Μουσικών Σπουδών  (Κέρκυρα)
- Το Τμήμα Εθνομουσικολογίας (Ληξούρι)

Κοσμήτορας της Σχολής: Καθηγητής Δήμος Δημητριάδης, Τμήμα Μουσικών Σπουδών.

Γραμματεία Κοσμητείας της Σχολής Μουσικής & Οπτικοακουστικών Τεχνών:
Μίκα Κουρκούλου, τηλ. 26610 - 87527

Σχολή Περιβάλλοντος 

Η Σχολή Περιβάλλοντος περιλαμβάνει τα εξής Τμήματα:
- το Τμήμα Περιβάλλοντος (Ζάκυνθος)
- το Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων (Αργοστόλι)

Κοσμήτορας της Σχολής: Καθηγητής Διονύσιος Κουλουγλιώτης, Τμήμα Περιβάλλοντος

Σχολή Οικονομικών Επιστημών

Η Σχολή Οικονομικών Επιστημών περιλαμβάνει τα εξής Τμήματα:
- το Τμήμα Περιφερειακής Ανάπτυξης (Λευκάδα)
- το Τμήμα Τουρισμού (Κέρκυρα)

Κοσμήτορας της Σχολής: Αναπληρωτής Καθηγητής Σαράντης Μητρόπουλος, Τμήμα Περιφερειακής Ανάπτυξης